Background

Herramientas de soporte de decisiones clínicas (CDS)

OncoKDM®
Lite

Ayudando a los oncológos en la selección terapéutica, proporcionando las mejores recomendaciones clínicas.

¿Qué es OncoKDM® Lite?

OncoKDM® Lite es una oferta comercial basada en OncoKDM®, Un sistema experto en el apoyo de decisión clínica (CDS) que traduce las variantes somáticas obtenidas por NGS en conclusiones clínicas prácticas (accionables), que permiten a los oncólogos seleccionar tratamientos personalizados basándose en:

  • Clasificación de variantes según las guías clínicas
  • Ensayos clínicos disponibles relacionados con los hallazgos
  • Evidencias actuales basadas en la actividad diagnóstica de OncoDNA
  • Información pública revisada por el equipo científico de OncoDNA

OncoKDM® interactúa con nuestra propia base de datos

Nuestra base de datos (OncoKDO) se enriquece semanalmente con información nueva proporcionada por nuestros algoritmos y científicos expertos. Además, se actualiza diariamente con datos reales generados a nivel global y evidencias procedentes de la actividad diagnóstica de OncoDNA:

Base de datos

base de datos

>3.000.000 variantes
>600 fármacos*
>2.000 ensayos clínicos*
>10.000 estudios realizados
>1.000 biomarcadores

*Fuentes de datos públicas: literatura de PubMed, ClinVar, COSMIC, GnomAD, OncoKB, Clinicaltrials.gov…

icono de laboratorio

Validación por el equipo científico de OncoDNA

Base de datos

Base de datos

Un proceso sencillo

1. Carga de archivos de muestra y configuración del paciente

Carga archivos VCF, configura tus parámetros de análisis e inicia el proceso de interpretación con tan solo unos clics.

2. Inserciones / Deleciones / Interpretación clínica de SNV

Carga archivos VCF, configura tus parámetros de análisis e inicia el proceso de interpretación con tan solo unos clics.

3. Clasificación de variantes

Clasificación de variantes biológicas y terapéuticas (TIER) de acuerdo con las guías clínicas.

4. Interpretación clínica: terapias y ensayos clínicos

De acuerdo con nuestra base de datos y las variantes accionables, la aplicación proporciona recomendaciones terapéuticas específicas y ensayos clínicos para el paciente.

Comprensive clinical report

¿Como funciona?

CARGA DE LOS ARCHIVOS DE MUESTRAS Y CONFIGURACIÓN DEL CASO DEL PACIENTE

archivos muestras

Importe archivos VCF generados por el pipeline de llamada a variantes, cree sus casos de pacientes, configure sus parámetros de análisis e inicie la interpretación con tan solo unos clics.

Importe archivos VCF generados por el pipeline de llamada a variantes, cree sus casos de pacientes, configure sus parámetros de análisis e inicie la interpretación con tan solo unos clics.
La importación de VCF se probó y validó con los softwares de variant calling más comunes (Pisces / TorrentServerVariantCaller / freebayes / GATK: HaplotypeCaller / VarScan / Samtools: BcFtools (https://github.com/samtools/bcftools) / Mutect1 / Platypus / CctBio / Mutect1 / Platypus / CLCBio / Mutect1 / VarDict / NextGene / LoFreq.

reclutamiento de precisión

Panel agnóstico

Debido a que OncoKDM es un panel agnóstico, independientemente que esté utilizando un panel dirigido o completo (TSO500), si sus genes provienen de los 595 más comunes utilizados para el perfil molecular en oncología, la plataforma realizará una interpretación terciaria completa que los patólogos y oncólogos pueden utilizar durante el comité de tumores molecular.

Consulta tu caso

Información clínica de pacientes y follow-up

Debido a que la evaluación del paciente es necesaria para proporcionar la mejor interpretación, tanto las secciones de «información del paciente» como de «seguimiento» permiten a los médicos establecer la condición y el historial del paciente.

INSERCIONES / DELECIONES / INTERPRETACIÓN CLÍNICA DEL SNV

El equipo de BioIT de OncoKDM® filtra e interpreta las inserciones y deleciones complejas (indeles) de los datos somáticos de la NGS, así como las variaciones de un solo nucleótido (SNV).

01-deletions

INSERCIÓN

Secuencia de referencia:

AATTGTG – AGAAGCTGGAG

Inserción de variante:

AATTGTG T – AGAAGCTGGAG

DELECIÓN

Secuencia de referencia:

AATTGTG A – GAAGCTGGAG

Deleción de variante:

AATTGTG -GAAGCTGGAG

SNV

Secuencia de referencia:

AATTGTG A – GAAGCTGGAG

Inserción de variante:

AATTGTG G – AGAAGCTGGAG

CLASIFICACIÓN DE VARIANTES

Gracias a las fuentes seleccionadas y a nuestros algoritmos propios, las variantes filtradas se clasifican según las guías clínicas (ACMG, COMPERMED,…), incluyendo el impacto biológico y terapéutico:

02-Deletions
Clasificación biológica*

CLASIFICACIÓN:

  • Patogénica
  • Probablemente patogénica
  • Variantes de significado incierto
  • Probablemente benigna
  • Benigna

*Esta clasificación se basa en los estándares y guías ACMG y AMP de Li et al. J Mol Diagn 2017.

Clasificación clínica (terapéutica)**

CLASIFICACIÓN TIER (Terapéutica, pronóstica, diagnóstica):

  • I Significado clínico Importante
  • II Significado clínico potencial
  • III Variantes de significado desconocido
  • IV Probablemente benigno/ Benigno

**Esta clasificación se basa en los estándares y guías ACMG y AMP de Richards et al. Genet Med 2015, si bien estas pautas están destinadas a variantes de la línea germinal.

ASOCIACIÓN CON TERAPIAS Y ENSAYOS CLÍNICOS

Basado en evidencias claras y científicamente validadas, el algoritmo propio de OncoKDM¨ informará de los tratamientos relevantes aprobados por la FDA / EMA clasificados por su relevancia clínica y la geolocalización de los ensayos clínicos disponibles.

03-Clinical Match

¿Qué obtendrás?

Independientemente del tipo de cáncer (siempre que sea tumores sólidos), cada informe se realiza con nuestros algoritmos propios que navegan por bases de datos públicas y se combinan con nuestra experiencia de varios años en genómica del cáncer para generar información específica basada en sus datos. Todos los datos son seleccionados y validados por nuestro equipo científico antes de ser publicados en un informe completo que incluye:
1. Datos clínicos
2. Interpretación y priorización de las variantes accionables
3. Recomendaciones terapeúticas
4. Ensayos clinicos 5 detalle de las variantes accionables
5. Tratamientos por impacto clínico

gen

ANÁLISIS PRIMARIO

Control de calidad en datos secuenciados

FastQ- archivos BAM (… Gb)

base de datos

ANÁLISIS SECUNDARIO

Alineación del variant calling (SNV, Indel, CNVs)

Archivos VCF (10kb – … Mb)

tratamiento

ANÁLISIS TERCIARIO Filtrado de VCF

Interpretación biológica

Bases de datos de mutaciones
Evidencias científicas publicadas

Un entorno certificado y seguro

REGULACIÓN EUROPEA DE ALMACENAMIENTO DE DATOS

UE

OncoKDM® evoluciona en un entorno sanitario europeo, lo que significa que todos los datos médicos, personales y otra información procesada, se almacenan y gestionan en cumplimiento con el Reglamento General de Protección de Datos (GDPR) 2016/679 de la UE.

ISO 13485:2016

SGSOncoKDM® está dentro de la certificación ISO 13485:2016. Esta normativa ISO especifica los requisitos para los sistemas de gestión de calidad (SGC) en la industria de dispositivos médicos. Estar certificado indica que el sistema de gestión de calidad OncoKDM® cumple con los requisitos aplicables al área de dispositivos médicos.

ISO/IEC 27001:2013

ISO
OncoKDM® se basa en una infraestructura certificada ISO 27001. El sistema de gestión de seguridad de la información subyacente de esta certificación facilita el cumplimiento del RGPD a través de la implementación de las medidas técnicas y organizativas necesarias para garantizar la integridad, la confidencialidad y la seguridad adecuada de sus datos personales, incluida su protección contra el tratamiento no autorizado o ilegal, y su pérdida, destrucción o daño accidental.

CERTIFICACIÓN HIPAA

HIPA

HIPAA (Ley de Responsabilidad y Portabilidad del Seguro de Salud de 1996) es una legislación de los Estados Unidos que proporciona disposiciones de privacidad y seguridad de datos para salvaguardar la información médica. En los círculos de atención médica, la adhesión a HIPAA requiere que las organizaciones de atención médica implementen un acceso electrónico seguro a los datos de salud y cumplan con la normativa de privacidad.

Lea más sobre OncoKDM® HIPAA aquí.

Profesionales que ya confían en nosotros

SONIA PERNAS Foto

SONIA PERNAS

Departamento de Oncología Médica – Jefe de la Unidad de Cáncer de Mama

Institut Català d’Oncologia, España

Dada la experiencia de OncoDNA en la entrega de soluciones en medicina de precisión, iniciamos esta colaboración con entusiasmo con el objetivo de desarrollar una solución específica de SOLTI OncoKDM que integre cualquier tipo de datos moleculares que puedan revelar vulnerabilidades no apreciadas en los tumores de pacientes con AGATA, lo que nos permite adaptar Mucho mejor sus opciones de tratamiento.

BYUNG CHUL KIM Foto

BYUNG CHUL KIM, PH.D.

CEO

Clinomics Inc., Corea del Sur

En comparación con sus competidores, OncoKDM incluye características centradas en el paciente que permiten a los oncólogos recomendar y tomar las decisiones correctas de tratamiento de acuerdo con los datos del paciente y el historial médico. Además, OncoKDM es fácil de usar y fácil de usar, ¡otra ventaja!

¿Interesado en colaborar?

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