Microarrays

Microarrays

Los análisis cromosómicos por microarrays tienen una gran resolución y no solo detectan las anormalidades que pueden ser identificadas por análisis cromosómicos rutinarios o FISH, sino que también pueden detectar aberraciones submicroscópicas.

Estos análisis no necesitan células en división, por lo que se pueden utilizar para analizar muestras de tejido fresco congelado y muestras de tejido tumoral parafinado FFPE. Además la capacidad de poder utilizar muestras de tejido FFPE permite obtener información de los desequilibrios cromosómicos sin la necesidad de usar tejido fresco.

  • Tipos de Microarrays:
    • Nombre Resolución Media Tipo de Muestra Tumor específico Descripción
      180K CGH 1Kb (exones largos) a 10 Kb (regiones genómicas oncológicas) en regiones diana y 20 Kb en regiones ‘backbone’ Sangre, Medula Ósea, FFPE, Tejido Fresco Congelado Este test se puede usar para detectar CNV en diferentes tejidos tumorales incluyendo cánceres hematológicos y tumores sólidos. Este array analiza >500 genes del cáncer y otros genes relacionados.
      180K CGH/SNP 1Kb (exones largos) a 10 Kb (regiones genómicas oncológicas) en regiones diana y 20 Kb en regiones ‘backbone’ Sangre, Medula Ósea, FFPE**, Tejido Fresco Congelado Este array puede detectar CNVs, pérdidas de heterocigosidad (LOH) e isodisomias uniparentales cromosómicas o de un segmento cromosómico (UPD). Puede usarse en diferentes tejidos tumorales incluyendo cánceres hematológicos y tumores sólidos. Este array analiza >500 genes del cáncer y otros genes relacionados.
      BCM 400K CGH/SNP 1Kb (exones largos) a 10 Kb (regiones genómicas oncológicas) en regiones diana y 12 Kb en regiones ‘backbone’ Sangre, Medula Ósea, FFPE**, Tejido Fresco Congelado Diseñado por el CGL del BCM. 2,300 genes del cáncer y otros genes relacionados, 235 miRNAs asociados con cáncer. Media de 6 sondas/exón.
      CytoScan™ HD Sensibilidad para cambios en el número de copias >400K Sangre, Medula Ósea, Tejido Fresco Congelado No Array de SNP de alta resolución. Cobertura de todo el genoma. 2,6 millones de marcadores de número de copias.
      GeneChip® Human Mapping 250K Nsp Puede detectar lesiones >300Kb. Sangre, Medula Ósea, FFPE, Tejido Fresco Congelado No Este array permite hacer un screening del genoma entero en busca de anomalías graves. Sondas para 262,000 SNPs (más de 5 sondas por marcador). Evaluación LOH y UPD.

      *LOH menor de 10 Mb de tamaño no se tendrá en cuenta.

      **Este array no detecta LOH en muestras FFPE de más de 5 años. En este caso, es aconsejable elegir el Array 180K CGH.

  • ¿Qué diferencia existe entre los arrays de CGH y los de SNPs?
    • Los arrays de CGH (Comparative Genomic Hybridization) están diseñados para detectar pérdidas y ganancias, es decir, deleciones, duplicaciones o amplificaciones y pérdidas de heterocigosidad (causadas por deleciones) del genoma tumoral. Adicionalmente, los arrays de SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) pueden detectar pérdidas de heterocigosidad neutras.
  • ¿Cómo escoger el microarray correcto?
    • null

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